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新方法可实现高阶三维基因组组织的单细胞测量—小柯机器人—科学
发布日期:2021-08-27 04:46   来源:未知   阅读:

  宏基王朝装修效果图。美国加州理工学院Mitchell Guttman、Rustem F. Ismagilov等研究人员合作开发出scSPRITE技术,可用于高阶三维基因组组织的单细胞测量。2021年8月23日,国际知名学术期刊《自然生物技术》在线发表了这一成果。

  研究人员表示,尽管三维(3D)基因组组织是细胞核功能的核心,但它一直难以在单细胞水平上测量。

  为了解决这个问题,研究人员开发了单细胞分割池识别标签扩展的相互作用(scSPRITE)。scSPRITE使用分割池条码来标记同一细胞核内的DNA片段及其三维空间排列。因为scSPRITE测量多向DNA接触,它在单个细胞内生成的地图比接近连接所能实现的分辨率更高。研究人员将scSPRITE应用于数以千计的小鼠胚胎干细胞,并检测了已知的基因组结构,包括染色体区域、活性和非活性区间、拓扑关联域(TAD)以及围绕各种核体组织的长程染色体间结构。

  研究人员观察到这些结构在整个群体中表现出不同程度的异质性,其中TAD代表了跨细胞的基因组组织动态单位。研究人员认为scSPRITE将成为研究异质群体内基因组结构的一个重要工具。本港报码现场开奖直播